Kiedy wynalezione zostaje lekarstwo na mutacje, mutanci po raz pierwszy dostają możliwość wyboru: mogą zatrzymać swoje unikalne zdolności, które są jednak powodem ich izolacji i osamotnienia, albo pozbyć się ich i stać się normalnymi ludźmi. Różne punkty widzenia dwóch przywódców mutantów Charlesa Xaviera (Patrick Stewart), który domaga się tolerancji i zgody pomiędzy ludźmi i mutantami oraz Magneto (Ian McKellen), który wierzy, że przetrwać mogą tylko najsilniejsi, doprowadzają do ostatecznego testu: wojny, która ma zakończyć wszystkie wojny.